Η Πράξη, με κωδικό ΟΠΣ 5009852 , υλοποιήθηκε με δικαιούχους την Εφορεία Αρχαιοτήτων Αιτωλοακαρνανίας και Λευκάδας και την Υπηρεσία Νεωτέρων Μνημείων, Τεχνικών Έργων Δυτικής Ελλάδας, Πελοποννήσου και Νοτίου Ιονίου στο πλαίσιο του Ε.Π. «Δυτική Ελλάδα», με συνολικό προϋπολογισμό 2.257.950,96 €. Στο πλαίσιο της Πράξης προβλεπόταν η αποκατάσταση του παλαιού σχολικού κτιρίου, η μετατροπή του σε μουσειακό χώρο και η δημιουργία – οργάνωση μόνιμης αρχαιολογικής έκθεσης. Το έργο ανήκε στο Στρατηγικό Σχέδιο της Ο.Χ.Ε. Μεσολογγίου – Αιτωλικού. Εντάχθηκε στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Δυτική Ελλάδα 2014-2020» στον Άξονα Προτεραιότητας «Προστασία του Περιβάλλοντος – Μετάβαση σε μία οικονομία φιλική στο περιβάλλον» και συγχρηματοδοτήθηκε από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Περιφερειακής Ανάπτυξης (ΕΤΠΑ).
Πιο συγκεκριμένα, το φυσικό αντικείμενο του έργου περιελάμβανε τα ακόλουθα: Εργασίες επισκευής κτιρίου (συντήρηση, ενίσχυση, αποκατάσταση στέγης και δαπέδων, επισκευή, συντήρηση, αποκατάσταση κουφωμάτων, ελαιοχρωματισμοί, στατική ενίσχυση, πλαγιοθεμελιώσεις στο σύνολο των τοιχοποιιών, ενέματα με κάναβο, οπλισμένο επίχρισμα εσωτερικά – ημιοπλισμένο εξωτερικά, ενίσχυση με μεταλλικά ή ξύλινα στοιχεία στην οροφή του ισογείου και στο φέροντα οργανισμό της στέγης), Η/Μ εγκατάσταση οργάνωση έκθεσης αρχαιολογικών ευρημάτων, εργασίες συντήρησης αρχαίων αντικειμένων, προμήθεια προθηκών, πετασμάτων – κατασκευών, στηριγμάτων και βάσεων αντικειμένων, εγκατάσταση φωτισμού, σχεδιασμό και παραγωγή εποπτικού υλικού (λεζάντες, κειμενο-λεζάντες, αρχαιολογικός οδηγός, ενημερωτικά φυλλάδια, εκπαιδευτικά έντυπα και υλικό, συμβατικά εποπτικά μέσα έκθεσης, ψηφιακές και πολυμεσικές εφαρμογές, παραγωγή πινακίδων Braille), εξοπλισμό εργαστηρίων, αποθηκών, γραφείων.
Το έργο περιελάμβανε τρία υποέργα, εκ των οποίων το πρώτο («Αποκατάσταση «Ξενοκρατείου» διατηρητέου κτηρίου και αλλαγή χρήσης του σε χώρο μουσείου») ολοκληρώθηκε το 2020 από την Υπηρεσία Νεωτέρων Μνημείων και Τεχνικών Έργων Δυτικής Ελλάδας, Πελοποννήσου και Νοτίου Ιονίου, με προϋπολογισμό 1.157.950,96 €.
Τα υπόλοιπα δύο υλοποιήθηκαν από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Αιτωλοακαρνανίας και Λευκάδας μεταξύ των ετών 2018-2022. Πρόκειται για τα υποέργα: «Προμήθεια και εγκατάσταση προθηκών και λοιπών μουσειακών κατασκευών Ξενοκρατείου» και «Δημιουργία – οργάνωση μόνιμων αρχαιολογικών συλλογών Ξενοκρατείου».
Το Μουσείο, συνολικού εμβαδού 1.335,53 τ.μ., άνοιξε τις πύλες του για το κοινό στα τέλη του 2021, ενώ το τελευταίο υποέργο, που αφορούσε στην οργάνωση της αρχαιολογικής έκθεσης και των εσωτερικών χώρων του, ολοκληρώθηκε στο τέλος του 2022.
