Το μνημείο βρίσκεται σε επαφή με τον ανατολικό λιμενοβραχίονα του ενετικού λιμανιού της Ναυπάκτου. Είναι το πρώτο μουσουλμανικό τέμενος που κτίστηκε στην πόλη και μέρος της διαχρονικής ιστορίας της, με όνομα που υποδηλώνει την κατάληψη της από τον σουλτάνο Βαγιαζήτ Β΄ το 1499. Στα ενετικά χρόνια και μέχρι τα τέλη του 19ου αι. χρησιμοποιήθηκε ως αλαταποθήκη.
Από την απαλλοτρίωση του την περίοδο του 70 και μέχρι το 1998, το κτίσμα χρησιμοποιήθηκε ως πρώτη μικρή αρχαιολογική συλλογή, όπου συγκεντρώνονταν αρχαιολογικά ευρήματα από την ευρύτερη περιοχή της Ναυπακτίας και ως χώρος γραφείων των Αρχαιολογικών Κλιμακίων του Υπουργείου Πολιτισμού.
Μεταξύ 1999-2001 έγιναν εργασίες αποκατάστασης του μνημείου από τη Διεύθυνση Αναστήλωσης Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων στο πλαίσιο του Β΄ Κ.Π.Σ. Στο εξής, και κυρίως από το 2011 και μετά, λειτουργεί περιοδικά κατά τη θερινή περίοδο ως χώρος εκθέσεων, εκδηλώσεων και εκπαιδευτικών προγραμμάτων. Την υπόλοιπη περίοδο του έτους το μνημείο είναι επισκέψιμο χωρίς εισιτήριο, κατόπιν συνεννόησης με την Εφορεία Αιτωλοακαρνανίας και Λευκάδας.
Το κτίσμα έχει βάση λίθινη και πλίνθινη ανωδομή, διακοσμημένη εξωτερικά με οδοντωτές ταινίες. Κατά τη διάρκεια των αιώνων έχει δεχθεί μετασκευές, κυρίως στο εξωτερικό προστώο, που σήμερα είναι τραπεζοειδές με δίρριχτη κεραμοσκεπή, και στο εσωτερικό δάπεδο.
Η είσοδος του μνημείου βρίσκεται στη βόρεια πλευρά, όπου υπάρχει λίθινη κλίμακα. Εσωτερικά διαιρείται στον προθάλαμο και στην κεντρική τετράγωνη αίθουσα (9,12 Χ 9,13 μ.), που διαχωρίζονται με σειρά τριών τοξωτών ανοιγμάτων.
Στον προθάλαμο διατηρείται κλίμακα πρόσβασης προς τον μιναρέ που βρίσκεται στη βορειοδυτική γωνία του κτιρίου. Η κύρια αίθουσα είναι στεγασμένη με θόλο, εσωτερικά κυκλικό και εξωτερικά οκτάπλευρο.
Στη νότια πλευρά της βρίσκεται η κόγχη του μιχράμπ (mihrab), στραμμένη προς τη Μέκκα. Στη βορειοδυτική πλευρά του κτίσματος υπάρχει εξωτερικά τετράγωνη θολοσκεπής κρήνη καλής διατήρησης.
